峨山历史悠久，据塔甸老龙洞出土的旧石器时期人类下颌骨及石器、骨器、动物骨骼化石，证明距今约12万年前就有人类生息繁衍。
据史籍记载，峨山地域在先秦时期属古滇国辖地，汉属益州郡俞元县地。
三国时期益州郡划设建宁郡，峨山属建宁郡俞元县地。
隋属南宁州总管府。
唐初属南宁州绛县地，后属南诏通海都督府。
宋大理国时期属秀山郡。
元宪宗六年(1256)置嶍峨千户，隶阿僰万户。
元世祖至元十三年(1276)改置嶍峨州，隶临安路；二十六年(1289)改置嶍峨县，隶临安府。
明洪武十五年(1382)仍置嶍峨县，隶临安府。
清沿明制。
民国建立后仍名嶍峨县。
1913年裁府设道，隶蒙自道。
1929年峨山人徐为光(任省民政厅厅长)认为“嶍峨”与“习恶”谐音，殊不雅训，根据乡绅要求，签呈省政府将“嶍峨”改为“峨山”。
省政府于同年10月8日115次会议决议呈经中央核准，于1930年1月1日始更名为峨山县。
中华人民共和国建立后，于1949年10月24日在甸中成立峨山县临时人民政府。
1950年2月2日县临时人民政府由甸中迁回县城。
1951年5月12日成立峨山民族自治县，1954年6月18日改称峨山县彝族自治区。
1956年1月17日改称峨山彝族自治县，隶玉溪专区。
1971年隶玉溪地区。
1998年隶玉溪市。