14世纪帕竹政权在西藏推行宗制度时，即在此设“萨嘎敦巴宗”。
人们习惯称之为“萨嘎宗”。
17世纪中叶，甘丹颇章政权时期，在萨嘎设立“撒噶宗”。
1921年，西藏地方政府推行宗溪制，确立萨嘎宗，并将其归入日喀则基宗治下。
1951年前，萨嘎宗设有东、西即僧俗两个宗本，三年一换，由噶厦政府从哲蚌寺、色拉寺和大昭寺中直接选派任命。
萨嘎宗为政府与班禅堪布会议厅交叉管辖。
1960年4月，设立萨嘎县，隶属日喀则专区。
1970年，改属日喀则地区。
2014年，撤销日喀则地区，设立地级日喀则市，萨嘎县隶属日喀则市。