7世纪中叶，吐蕃政权建立后，把日喀则一带地区划归如拉茹管辖，在其境内设立“桑珠孜”“娘达”“域参”。
9世纪中叶，归杰氏氏族统治。
10世纪初，达玛邬东赞后裔吉德一族占据年楚河流域，形成“卓地王系”，将日喀则收归治下。
元至元十四年（1354，藏历第六饶迥木马年），明廷及帕木竹巴政权在今日喀则市设立桑珠孜宗。
明正统十二年（1447，藏历第七饶迥火兔年），修建扎什伦布寺。
16世纪中叶，辛夏巴•才旦多吉以桑珠孜为中心，建立起“第巴藏巴汗政权”，称“藏堆杰波”（后藏之王）。
清康熙十八年（1679，藏历第十一饶迥土羊年），设立“甲错宗”“昔孜宗”“夏鲁宗”。
1921年，西藏地方政府在今桑珠孜区设“日喀则宗”“兰伦绕溪”，隶属日喀则基宗。
1952年6月，兰伦绕溪卡归还班禅堪布会议厅管辖。
1954年，西藏地方政府将日喀则基宗改称“藏区总管”，日喀则宗隶属其管辖。
1960年1月，撤销日喀则宗和兰伦绕溪，合并设置日喀则县，隶属日喀则专区。
1962年1月，卡孜乡、土布加乡和艾马岗区及其所辖的艾马乡、恰热乡、山巴乡、扎西乡、孜东乡、普孜乡，共1个区，8个乡从日喀则县划出，归南木林县管辖。
1986年12月，日喀则县改为日喀则市（县级）。
2014年6月，撤销县级日喀则市，设立日喀则市桑珠孜区。