汉代为莎车国地。
《汉书·西域传》:“莎车国，王治莎车城。”神爵三年(59)隶西域都护府。
三国、北魏时称渠莎，属疏勒。
隋、唐以后并人于阗。
宋属喀喇汗王朝。
南宋属西辽。
元代为察合台后王封地。
明代曾为东察合台汗国及叶尔羌汗国王城。
清乾隆二十六年(1761)设叶尔羌办事大臣。
光绪九年(1883)置莎车直隶州，州治莎车，领辖叶城县。
光绪二十八年(1902)直隶州升为莎车府，隶喀什噶尔道。
莎车本府即今莎车县前身。
1913年莎车本府改为莎车县，仍隶喀什噶尔道。
1929年莎车县分成莎车、叶尔羌两县。
1942年析喀什行政区置莎车行政区。
1943年两县复并为莎车县，同年改为莎车督察专区。
1949年后为莎车专署驻地。
1956年莎车专区撒消、归喀什专区。
1970年后属喀什地区。