西汉时（前206～25）属犍为郡南安县（今乐山）管辖，东汉属犍为郡江阳县所属。
北周武帝时（561～578）开凿卤源丰富的大公井后置公井镇。
犍为郡设荣州衙门于公井镇。
唐武德元年（618）改公井镇为公井县。
宋神宗熙宁四年（1071）改公井县为公井镇属荣德县（今荣县）管辖。
明嘉靖年间（1522～1566）改公井为贡井。
清雍正八年（1730）以荣溪河为界，以东及南（含今筱溪街、长土镇一带）设称富荣东厂，河西贡井（属荣县，含今贡井街、艾叶镇一带）为富荣西厂，分别在自流井和贡井设置县丞署。
民国成立后，盐政发生变化，贡井设蓆草田、苟氏坡、黄石坎盐垣管区。
1939年9月1日自贡建市，将荣县所辖贡井镇、艾叶乡、敦睦乡（今建设镇），富顺县所辖上坵镇（1942年更名为筱溪镇）划归自贡市。
贡井地区为三（筱溪镇）、四（贡井镇）、五（艾叶乡、敦睦乡）区。
1950年2月三、四区合并为二区，五区未变。
1953年1月二区改称贡井区、五区改称自贡市人民政府第二区公所。
同年6月第二区公所撤销，城市部分划归贡井区，辖贡井街、筱溪街、艾叶街、长土街道办事处。
农村部分划归郊区管辖。
1960年11月由郊区所属的艾叶、建设、双塘、荣边人民公社先后划归贡井区管辖。
1982年改人民公社为乡。
1995年撤双塘乡、长土街道办事处，建长土镇，撤艾叶乡、艾叶街道办事处，建艾叶镇，撤荣边乡和建设乡，分别建荣边镇和建设镇。
2005年5月，自贡市行政区划调整，将荣县所辖成佳、白庙、龙潭、桥头、五宝、莲花、章佳、牛尾8乡镇划归贡井区管辖，同时将贡井区所辖荣边镇划归自流井区管辖，名称沿用至今。
2018年11月15日，进行自贡市区划微调，将贡井区长土镇石沟村所辖行政区域划归大安区管辖。
将贡井区长土镇石沟村1、12组所辖S305线以北和贡舒路以东行政区划划归自流井区管辖。