南北朝梁武帝天鉴八年(509)义阳县建在今元坝；宋、元、明及清道光年间先后隶属牟勒镇、大获乡；清光绪元年隶属东路总保，宣统二年至1933年起属元坝镇；1934年10月红四方面军在天井村建立区、乡苏维埃政府；民国属苍溪县第八区；1933年10月红四方面军在天井村建立区、乡苏维埃；1935年6月后属二区；1951年成立元坝乡；1958年9月改为元坝人民公社；1984年2月恢复元坝乡。
1986年改置镇。
1991年将原中土、张王、金壁、店子4乡并入元坝镇。
1994年复置中土、张王2乡。
1997年复置金壁、店子2乡。
2005年5月将张王、金壁、店子3乡并入元坝镇。
2020年，撤销中土镇和石门乡，划归元坝镇管辖。