战国时期属秦国地。
秦统一后置富平县。
西汉时置灵洲县。
北魏时属薄骨律镇。
后改属灵州。
北周属回乐县。
隋唐时属灵州。
宋咸平五年（1002），改灵州为西平府，并为西夏国时的临时首都，后又改称灵州。
元代属宁夏府路灵州。
明代属陕西布省宁夏镇下的灵州守御千户所。
清代属甘肃省宁夏府灵州。
清同治十一年(1872)甘肃省宁夏府宁灵厅。
1913年，改灵州为灵武县时，今吴忠市除原金积县所辖部分外，均属灵武县，隶属宁夏道。
1929年，宁夏道建为宁夏省。
1950年2月，灵武县析置吴忠市，旋即改置吴忠镇（县级），省直辖。
当年10月，复置省辖吴忠市。
1954年4月，宁夏省河东回族自治区成立，吴忠市归其管辖。
1954年秋，宁夏省并入甘肃省，宁夏省河东回族自治区改为甘肃省河东回族自治区，次年又改为甘肃省吴忠回族自治州。
1958年，宁夏回族自治区成立，吴忠回族自治州撤销，吴忠市直属自治区管辖。
1960年10月，全市划分为吴忠、红旗、东风3个人民公社。
1963年，改置为吴忠县。
1972年，银南地区成立，吴忠县归属其管辖。
1983年，撤销吴忠县，恢复吴忠市（县级）。
1984年3月，所有公社改为乡。
1998年5月11日，设立地级吴忠市，吴忠市新设利通区。