据《清实录宁夏资料辑录》记载：雍正七年润七月癸未（公元1729年9月3日），办理陕西宁夏河渠工兵部侍郎通智疏报：“宁夏等属修浚之大渠并六羊改渠，一切工程告竣……请定两渠佳名”。
得旨：大渠著名“惠农渠”。
1941年，宁夏省划平罗县的王泉沟、高庄、惠北、灵沙等地及其以北地区置县，因位于惠农渠梢段而取名“惠农县”。
1960年3月，撤县设置为石嘴山市。
1976年成立石嘴山市辖郊区。
1987年国务院批准将原石嘴山市郊区恢复为惠农县，惠农地名遂沿用至今。
惠农区是2003年12月31日，经国务院批准（国函[2003]139号）撤销石嘴山市惠农县和石嘴山区设立惠农区。
2004年1月30日，自治区人民政府下发（宁政发[2004]7号）《关于撤销石嘴山市石嘴山区和惠农县设立石嘴山市惠农区的通知》文件，撤销石嘴山市石嘴山区和惠农县，设立石嘴山市惠农区。