远在新石器时代，境内就有先民活动，后成为历代北方游牧民族放牧生息之地。
古为《禹贡》雍州之域。
春秋，属秦，始皇，置北地郡。
汉，属北地郡、武威郡、张掖郡。
晋，为前凉、后凉、北凉等所据。
唐，属河西节度使。
宋景德中，入于西夏。
元，隶属甘肃行中书省。
明永乐初，为西部瓦刺地区。
清康熙，属和硕特部。
康熙十六年（1677年），为和罗理率部游牧地，康熙三十六年，正式设置阿拉善和硕特旗，直辖于理藩院。
[31]嘉庆二十年至二十三年（1815年一1818年），实施苏木、巴格行政建制，设8个苏木、36个巴格。
民国元年（1912年）至民国17年（1928年）11月，国民政府将阿拉善旗在行政上划归甘肃省管辖，政治上按蒙古盟旗组织法规定直属中央政府蒙藏委员会管理。
民国17年（1928年），设立宁夏行省，阿拉善旗划给宁夏行省管辖。
民国30年（1941年），在阿拉善旗“紫泥湖”设置治局。
民国36年（1947年），阿拉善旗政府方面仍隶属中央；旗与省之关系就近接受西北行辕之督导。
1949年，阿拉善旗和平解放。
1950年，阿拉善旗划归宁夏省，成立宁夏省阿拉善和硕特旗自治区人民政府。
1951年，将阿拉善和硕特旗自治区人民政府改为宁夏阿拉善旗自治区人民政府。
1954年4月，宁夏省蒙古自治区成立，阿拉善旗自治区改称阿拉善旗，归宁夏省蒙古自治区管辖。
9月，宁夏省建制撤销，阿拉善旗人民政府由甘肃省管辖。
1955年，先后更名为甘肃省蒙古自治州和甘肃省巴彦浩特蒙古自治州。
1956年，设置巴彦淖尔盟，并将阿拉善旗巴彦浩特镇设为市（县级市），把阿拉善旗划归内蒙古自治区巴彦淖尔盟，盟府驻地巴彦浩特市。
1958年，巴彦浩特撤市为镇。
1961年，阿拉善旗划分为阿拉善左旗、阿拉善右旗。
1969年，阿拉善左旗划归宁夏回族自治区管辖。
1979年，阿拉善左旗划归内蒙古自治区管辖。
1980年，阿拉善盟成立，盟机关驻巴彦浩特镇，辖阿拉善左旗、阿拉善右旗和额济纳旗，归内蒙古自治区管辖。