清河门历史悠久。
远在新石器时期，已有人类在此繁衍生息。
清河边门设于清康熙十五年（1676年），是清代柳边21个边门之一（后改为20个）。
清河边门因临清河而得名，清河门则是清河边门的简称。
在较长的历史时期里，清河门属义州辖。
清光绪十一年（1885年）建制为镇。
民国元年（1912年），属锦州义州辖。
翌年废州制，实行省、县制，改属奉天省辽沈道义县辖。
民国十八年（1929年）5月废道制，仍属奉天省义县辖。
同年末，东北易帜更奉天省为辽宁省，清河门属辽宁省义县辖。
民国二十一年（1932年），日本侵占东三省后，建立伪满洲国，改辽宁省委奉天省，清河门属奉天省义县辖。
民国二十三年（1934年）12月，日伪实行新省制，划东北味为14省，设锦州省，清河门属锦州省义县辖。
民国三十四年（1945），日本投降，祖国光复，是年9月间，中共辽西地委成立，清河门属辽西地委义县辖。
民国三十五年（1946年）3月，国民党军队战领清河门，清河门属辽宁省义县辖。
民国三十六年（1947年）11月，东北民主联军解放清河门。
民国三十七年（1948年）初，热辽专区北阜义县联合政府在清河门建立，清河门隶属热河省辽专区辖，为北阜义县第九区。
民国三十八年（1949年）5月，撤销北阜义县联合政府，清河门改属辽西省义县辖，为第九区。
中华人民共和国成立后，清河门仍隶属辽西省义县辖。
1954年6月19日，辽西、辽东两省合并为辽宁省，清河门属辽宁省义县辖，为义县第九区。
1956～1958年，清河门隶属辽宁省锦州专区义县辖，为义县清河门乡、清河门镇、清河门区。
1959年8月，清河门划归阜新市，并建里阜新市清河门人民公社，市年10月，隶属阜新市郊区办事处辖。
1980年，撤销人民公社建制，改名为清河门镇人民政府，仍隶属阜新市郊区。
1983年2月21日，经辽宁省政府批准，阜新市筹建清河门区。
1983年9月20日，清河门区筹备小组正式开始对外办公。
1984年3月31日，清河门区人民政府成立，隶属辽宁省阜新市辖。