石门县名由“石门郡”而来，石门郡由“天门郡”而来，天门郡因“天门山”而来。
石门之“门”（原来就）分析认为是张家界的天门山。
夏、商、周属荆楚之域，春秋战国时期属楚，秦始皇元年（前221）为慈姑县地。
汉为零阳县地。
三国吴永安六年（263）析置天门郡。
晋太康四年（283）置澧阳县，治所即今县城，并为天门郡治。
宋、齐因之。
陈改郡、县均为石门。
隋开皇九年（589）废石门郡，置石门县，属澧阳郡。
唐属澧州。
五代因之。
宋属澧州澧阳郡。
元属澧州路。
明属岳州府澧州。
清属澧州。
民国属第四行政督察区，1949年属常澧专区。
1949年8月，建立县人民政府，划全县为8区（五、六、七、八区于次年2月正式建立）。
1950年属常德专区。
1951年元月，以原楚江镇置城关镇，为县辖镇。
4月，县境置14区。
10月，慈利县东岳八保划属石门黄矿区，至次年2月，全县有14个行政区，1个矿区，1个县辖镇，5个区辖镇，281个乡。
1955年4月，全县共14区、1镇、281乡。
1955年5月，将原二百八十一个小乡并为三十八大乡，并在此基础上于同年6月撤销区级建制。
1957年5月，成立了蒙泉、皂市、维新场、太平、磨市、泥市六个办事处，为县的派出机构。
1958年9月，撤销乡镇，成立28个人民公社。
1961年4月，公社体制进行调整，规模改小，设38个公社，同年9月3日恢复区的建制，成立蒙泉、城关、皂市、维新、太平、磨市、苏市、泥市8个区公所。
10月28日新成立新街、白洋、望洋、杨坪、川山5个公社，由38增加到43个公社，并制了印监，12月28日撤销城关区公所。
1964年初撤销新街公社其辖地并入二都公社内，改城市公社为城关镇人民委员会(1960年5月城关镇人民委员会改称城市公社)。
经过多次调整，1964年初全县共有7个区，43个公社，3个居委会，763个生产大队(简称大队)。
1980年属常德地区行政公署。
1982年全县进行地名普查，对政区地名进行标准化处理，将6个区、28个公社、629个大队更改名称，原镇属居民委员会名称不变，全县区划为7区、42个公社（下设752个大队）、1镇（下设3个居委会）。
1984年4月，政社分设，建立乡政府，原公社改乡。
同年7月发展小城镇，将蒙泉乡改为夏家巷镇，官渡桥乡改为官渡桥镇，易家渡乡改为易家渡镇，新关乡改为新关镇，皂角市乡改为皂角市镇，维新场乡改为维新场镇，泥沙乡改为泥沙镇，由镇管村。
年底，全县区划为7区、8镇、35乡、762村委会、8389个村民小组、11个居委会、57个居民小组。
1988年属常德市。
1995年，撤销7个区公所、将原43个乡镇并成19个乡镇。
原有乡镇所辖范围不打乱，保留5个乡镇行政区划不变，即城关镇（更名为楚江镇）、易家渡镇、新关镇、南北镇、二都乡。
新建蒙泉镇、夹山镇、皂市镇、维新镇、磨市镇、壶瓶山镇、白云乡、三圣乡、子良乡、太平街乡、雁池乡、所街乡、罗坪乡14个乡镇。
2004年至2008年对全县村（居）行政区划进行大幅度调整。
调整前共有790（其中园艺场、林场等11个）个村（皂市水库移民全迁村21个不在内）、42个居委会，调整后为290（包括剩头）个村、42个居委会。
2015年至2016年经过撤乡建镇、撤镇建街道的调整，石门县下辖楚江、宝峰、永兴、二都4街道，蒙泉、夹山镇、易家渡、新关、皂市、维新、太平、磨市、壶瓶山、南北镇、白云、新铺、子良13镇，三圣、所街、雁池、罗坪4乡。
东山峰管理区（东山峰农场）、夹山国家森林公园（夹山国有林场）、大同山国有林场、白云山国有林场（白云山市级森林公园）、洛浦国有林场（洛浦省级森林公园）、秀坪园艺场、观国山国有林场、剩头国有林场8个区、场、园。
84个社区，247个村（包括6个片、1个园艺场）。