芙蓉区系长沙市的中心地带。
1934年，属长沙市第一区。
1937年，划分为南阳镇（南阳街片）、端履镇（八角亭片）。
1938年，文夕大火后，长沙市暂并入长沙县，归长沙县城南镇管辖。
1941年，为长沙县城东镇。
1942年，恢复长沙市，为城东区。
1949年10月，成立城东区人民区公所，为长沙市人民政府派出机构。
1951年，改城东区区公所为东区人民政府，升为县一级政权。
1955年6月，区人民政府改成区人民委员会。
1960年5月改设为天心阁人民公社，1961年9月复名为城东区，1968年9月改设为东区，1975年，新建长沙火车站时，将郊区的东屯渡公社五一大队和火星大队成建制搬迁至京广复线以东，该两大队所辖地域并入东区。
1995年4月，增设五里牌街道，增加5个居委会。
1996年7月，撤销东区，设置芙蓉区。
2002年9月，湘湖管理局与办事处合署办公。
2011年12月底，进行区划调整，拆分马王堆街道、东岸街道，合并都正街、解放路、浏正街、府后街街道。
此次调整后，芙蓉区共辖13个街道。