战国时期属楚国洞庭地。
秦仍为洞庭郡地。
两汉至三国均属武陵郡辰阳县地。
晋为舞阳县地，仍属武陵郡。
南北朝复为辰阳县地，至隋朝改为辰溪县地。
唐垂拱三年（687），改为渭阳县地，后又改为招谕县地，均属锦州卢阳郡。
五代仍为渭阳、招谕县域。
宋初划归麻阳县。
宋嘉泰三年（1203），设五寨司，属思州军民安抚使。
元朝沿袭此制。
明永乐三年（1405），将竿子坪元帅府置竿子坪长官司，分管苗寨，均属保靖州军民宣尉使司。
清康熙三十九年（1700），始独立设凤凰厅，但土司并未废除，形成土流并存。
康熙四十六年（1707），土司制度彻底废除。
1913年，改凤凰厅为凤凰县。
初为二等县，设知事公署，置知事一员。
1919年，改为三等县，知事公署改为县公署，设县长。
1940年，复升为二等一级县，属湖南省第九行政督察区。
1949年11月7日，和平解放。
1950年4月21日，成立凤凰县人民政府，隶属沅陵专区。
1952年，划为湘西苗族自治区。
1955年，自治区改为自治州。
1957年，在苗族自治州的基础上成立湘西土家族苗族自治州，风凰县一直隶属土家族苗族自治州。