五峰土家族自治县，秦属黔中郡，西汉隶武陵郡，后汉隶南郡；三国先属蜀，后属吴，隶宜都郡；梁属江州，西魏属拓州，北周属亭州，隶资田郡（今资丘）；隋初属睦州，后隶荆州南郡；唐初复睦州，后属峡州郡；五代属南平峡州；宋属荆湖北路峡州；元属荆湖北道峡州路，元末土司错杂其间，长茅关（今采花乡长茂司）之南，菩提隘（今长乐坪镇荒口）之西，隶容美土司，归四川管辖；明初归湖广管辖，明天启七年（1627）之后，百年关（长乐坪镇）以西仍属容美宣抚司。
清初隶夷陵州，后隶荆州府。
雍正十三年（1735）改土归流，将容美宣慰司所辖之五峰、水浕、石梁各司地，与从长阳、宜都、石门、松滋等县划出的部分地域合而设县，钦定县名“长乐”，隶属由原夷陵州改设的宜昌府。
民国三年（1914），因与福建省、广东省的长乐县同名，以县城西南五个山峰并立，且原系五峰长官司为由，更名为五峰县。
1927年废荆州道而直属湖北省省政府。
1931年以后，属宜昌行政专员公署管辖。
1949年11月全县解放，成立五峰县人民政府，并将原崇信乡（今王畈乡）划归宜都县。
县政府机关初设渔洋关。
1950年春迁至老城五峰镇，属宜昌行政公署管辖。
1957年和1958年，将长阳县的红渔坪乡和星岩坪乡相继划入五峰县，1963年又将长阳县的傅家堰区划入五峰县，1976年将牛庄公社的青树坳、包二岭两个大队划归长阳县。
1984年7月13日，《国务院关于湖北省设立五峰土家族自治县和长阳土家族自治县的批复》国函〔1984〕字115号，撤销五峰县，设立五峰土家族自治县。
1984年12月12日五峰土家族自治县正式成立。
1988年撤区并乡，设立5镇11乡（五峰镇、长乐坪镇、渔洋关镇、仁和坪镇、湾潭镇、水浕司乡、谢家坪乡、后河乡、白鹿庄乡、蒿坪乡、清水湾乡、升子坪乡、傅家堰乡、采花乡、牛庄乡）。
1992年7月6日，《国务院关于湖北省宜昌地市合并实行市领导县体制的批复》国函〔1992〕78号，撤销宜昌地区，五峰土家族自治县划归宜昌市领导。
1996年对乡镇范围做进一步调整，将11个乡镇，合并为8个乡镇（五峰镇、长乐坪镇、渔洋关镇、仁和坪镇、湾潭镇、傅家堰乡、采花乡、牛庄乡）。