万秀区有2100多年的历史，汉元鼎六年（公元前111）起，万秀区域即为梧州城廓，是历代郡、州、府、道、县治所在地。
1950年前，设大中、平桂、北山、九九坊镇。
1950年，合并成城中、城北镇；1953年5月，撤镇设立第一区人民政府。
1955年设立城中、城北、和平街道办事处；1958年9月，撤销办事处，建立城南、城北和水上3个区公所。
1960年4月，又分别改称为白云、万寿和鸳江3个人民公社。
1968年9月将白云、万寿和鸳江人民公社改为东方红、红星、东风人民公社革命委员会。
1979年2月撤销东方红、红星和东风3个人民公社革命委员会，改为万秀、白云、鸳江区革命委员会。
1980年8月撤销革委会，成立万秀、白云、鸳江区人民政府。
1984年9月撤销鸳江区，并入白云区，1990年8月，撤销白云区，并入万秀区。
2003年区划调整，万秀区增辖苍梧县旺甫镇和郊区城东镇2镇，划出塘源社区归蝶山区管辖。
2013年2月行政区划调整，撤销梧州市蝶山区、万秀区，成立新的梧州市万秀区，辖城东、夏郢、龙湖3个镇和城东、城南、城中、城北、角嘴、富民、东兴7个街道。
2019年街道调整，城东街道并入城南街道，城中街道并入城北街道，辖城东、夏郢、龙湖3个镇和城南、城北、角嘴、富民、东兴5个街道。