平果县古为百越地。
秦属象郡地。
汉、三国属郁林郡增食县地。
晋、南北朝属晋兴郡增翊县地。
隋为宣化县地，属郁林郡。
唐开元二年（714），置羁縻州万德州（今坡造镇归德屯）、思恩州（今旧城镇兴宁街），属邕州。
开元中（713-741），置羁縻县都救县，属田州。
五代沿袭唐制。
万德州、思恩州均属南汉，都救县属田州。
宋初始沿袭唐和五代制。
北宋仁宗天圣年间（1023-1032），置羁縻州果化州，治所在今平果县城西北果化镇。
皇祐五年（1053），置都阳寨（今坡造镇都阳村），属邕州；置那海堡（今海城乡）、丹良堡（今马头镇雷感村江州屯），属田州。
北宋置恩诚州，治平果县北榜圩，属邕州。
熙宁中（1068-1077），改万德州为归德州。
始兴三年（1133）都救县改称党佳县，属田州。
元先后将府、州改为路，羁縻州、县改为土州、土县。
羁縻县党佳县先改为都救土县，后废。
元末，境内思恩、恩城、归德、果化4个土州及寨、堡，属田州路。
明洪武二年（1369），思恩、恩城、归德、果化4个土州改属田州府。
永乐二年八月（1404），思恩土州直隶广西承宣布政使司。
明正统四年（1439），思恩土州升为思恩府，府治由今平果江北旧城迁至今马山县乔利圩附近。
正统六年（1441）十一月，思恩府改为思恩军民府。
弘治五年（1492），恩城土州废。
弘治（1488-1505）末，思恩军民府改土归流为思恩府。
弘治十八年（1505），归德、果化2个土州改隶南宁府。
嘉靖七年（1528），思恩府增置旧城、下旺（今海城乡）、白山（治所在今马山县白山镇）等9个土巡检司，迁治今武鸣县府城镇。
清归德、果化2个土州属南宁府，旧城、下旺、白山3个土司和上林土县属思恩府。
光绪二年（1876），上林土县、下旺土司改隶百色直隶厅。
1913年，归德、果化2个土州和旧城、白山2个土司属邕南道。
下旺土司、上林土县属田南道。
1915年，并果化土州、归德土州及旧城土司、析白山、下旺等土司部分地方，改土归流合置果德县，各取一字命名，县治平果西北果化，后改治马头街，属南宁道。
1918年，上林土县、下旺土司改土归流合置思林县，属田南道。
1927年，废道，果德、思林2县直隶广西省政府。
1930年，果德县属宾阳民团区，思林县属恩隆民团区。
1932年4月，果德、思林2县改属百色民团区，随后果德县改属南宁民团区。
1933年7月，思林县改属天保民团区。
1934年3月，果德县改属南宁行政监督区，思林县改属天保行政监督区；同年12月，思林县易名平治县，县治榜圩街，改属百色行政监督区。
1936年10月，平治县改属南宁行政监督区。
1939年2月，果德、平治县改属武鸣行政监督区。
1940年4月，果德、平治2县改属广西省第八行政督察区。
1942年3月，果德、平治2县改属广西省第四行政督察区。
1948年10月，果德、平治2县改属广西省第十一行政督察区。
1949年，平治、果德2县属武鸣专区。
1951年，撤武鸣专区，平治、果德2县改属百色专区。
1951年（时政务院批准时间为1952年8月11日），平治、果德两县合并，各取一个字命名，治今马头镇，属百色专区。
1952年，属桂西僮族自治区百色专区。
1956年，属桂西僮族自治州百色地区。
1958年属百色专区。
1971年，属百色地区。
2002年，百色撤地设市，改属百色市。
2019年11月，经国务院批准，撤销平果县设县级平果市。