中华人民共和国成立以后，属惠阳县第四区、第七区、大鹏乡、大鹏人民公社管辖。
1958年11月，大鹏人民公社划归宝安县管辖，隶属渔业大队。
1983年7月取消人民公社体制时，大鹏公社改称为大鹏区，1986年10月撤区建镇，南澳从大鹏镇分出而单独设镇，与大鹏镇同级，成立南渔村民委员会；1993年1月，原宝安县撤销划分为宝安和龙岗两区，辖属龙岗区。
2004年深圳市进行城市化改制，成立南渔社区居委会，名称沿用至今。