海珠地区秦汉时属番禺县。
隋开皇十年（590）撤番禺县，属广州总管府南海县。
唐武德四年（621）复置番禺县，是番禺县县治。
宋开宝五年（972），番禺县并入南海县，属广州府南海县。
宋皇祐三年（1051）复置番禺县，辖地此后一直隶属番禺县。
1921年成立广州市政厅，海珠地区的城区部分划归广州市管辖，分设蒙圣、海幢、洪德3个区公所。
1937年乡村部分也划归广州市。
至此，整个海珠地区均隶属广州市。
抗日战争时期，乡村部分暂归番禺县代管。
抗战胜利后复归广州市。
1949年，广州市调整行政区划，在海珠地区设蒙圣、海幢、洪德、沥滘、新洲5个区。
1950年，蒙圣、海幢、洪德合并成立河南区。
芳村、花地、山村于1958年划入河南区，1960年河南区更名为海珠区。
1986年，原属郊区的赤岗街道和新滘镇划入海珠区。
1996年增设凤阳街道。
1999年新滘镇析出设立瑞宝、江海街道，2001年新滘镇再析出设立琶洲、南洲街道。
2002年撤新滘镇分设华洲、官洲街道，沿用至今。