东源县地域为原河源县主体。
南朝齐永明元年（483）从龙川析置河源，属南海郡。
唐肃宗乾元元年（758）属循州。
宋太祖开宝四年（971），属祯州。
明太祖洪武元年（1368），属惠州府。
清属惠州府。
1925年属东江行政区。
1949年属东江专区。
1953年属粤东行政区。
1956年属惠阳专区。
1959年属韶关专区。
1963年至1987年属惠阳地区。
1988年1月，经国务院批准，撤销河源县，设立河源市，原河源县分设河源市源城区和河源市郊区。
1993年11月8日，撤销河源市郊区，设立东源县。