周赧王元年（314年），始置江州县，属巴郡。
南朝齐改名垫江县。
北周孝闵帝元年(557年)为楚州地，武成三年(561年)易名巴县，后一直沿用。
隋、唐隶渝州，北宋属恭州，南宋属重庆府。
元属重庆路。
元末为明玉珍大夏政权国都。
明、清属重庆府。
1914年属东川道。
1935年属第三行政督察区。
1949年11月后，初属川东行政区巴县专区、璧山专区。
1951年改属重庆市。
1953年属江津专区。
1958年属重庆市至今。
1994年底撤销巴县，建立巴南区，治地不变。
2009年10月，区治所迁驻今址。