清雍正十年（1732）两江总督尹继善呈奏清延批准，于寿州北分设一县，名为凤台县。
雍正十一年（1733）正式分置，与寿州同城治理（县衙设在今寿县城东北角）。
1949年10月后，隶属阜阳地区。
1977年9月，凤台县划归淮南市管辖。
1984年6月蒙城县大兴乡的阎湖、大兴等6个行政村划归凤台县。
1992年2月，撤区并乡，全县设18个乡镇。
1994年7月毛集、夏集、焦岗划属毛集实验区。
2013年12月，李冲回族乡整建制和城关镇淮河以南的芦塘、西魏、淮丰、胜利、拐集、灯塔、山赵、夏湾、淮滨、黑龙潭10个社区划归淮南市八公山区管理。
2015年7月1日，将八公山区的李冲回族乡、凤台经济开发区及管理的社区正式划归凤台县管辖。